Ebba Bergman och Phil Harrison vinner Adipocyte Cell Imaging Challenge

2020-11-23

Ebba Bergman och Phil Harrison, doktorander vid institutionen för farmaceutisk biovetenskap, är vinnare av Adipocyte Cell Imaging Challenge – AI Sweden och AstraZenecas utmaning att skapa en lösning för att slippa använda infärgning vid test av nya läkemedel på cellkulturer.

Ebba Bergman och Phil Harrison, doktorander vid institutionen för farmaceutisk biovetenskap
Ebba Bergman och Phil Harrison, institutionen för farmaceutisk biovetenskap

I tidiga november utmanade AI Sweden och AstraZeneca experter på maskininlärning att hitta en lösning för att slippa använda infärgning när man testar nya läkemedel på cellkulturer. Nu är tävlingen avgjord och för det vinnande bidraget står team HASTE, bestående av Ebba Bergman och Phil Harrison, doktorander vid Uppsala universitets farmaceutiska fakultet, som i samarbete med tre andra Uppsalaforskare har utvecklat en algoritm som möjliggör att via maskininlärning läsa av gråskaliga bilder av celler som inte är färgade med toxisk färg. Bidraget kommer att användas av AstraZeneca i syfte att accelerera utvecklingen av läkemedel.

– Vi på AstraZeneca ser att vi kommer att kunna ha nytta av resultaten omgående. Vårt partnerskap med AI Sweden och lagens bidrag har öppnat upp för både nya idéer och nya samarbeten. Det kommer att ge oss en språngbräda för att öka vår kapacitet och potentiellt snabbare få ut nya läkemedel på marknaden, konstaterar Anders Holmén, Vice President and Head of Pharmaceutical Sciences BioPharmaceuticals R&D, AstraZeneca.

Team HASTE använde i sitt arbete en teknik som dels fokuserar på att samla in datapunkter för att skapa en överblick av cellstrukturen, dels söker specifikt efter information om cellens kärna, så kallad privilegierad information. Tack vare detta är det möjligt att hoppa över infärgningen av celler och direkt få en förståelse för hur cellen är uppbyggd och reagerar på nya läkemedel.

I tävlingen deltog åtta lag med svenska och internationella representanter från både universitet och privat sektor.

Mer information

text: Magnus Alsne, foto: Lab Ola Spjuth

Nytt vid fakulteten

Senast uppdaterad: 2021-06-22